Informes recientes de la Superintendencia Nacional de Salud, la Contraloría General y la Fiscalía General de la Nación han puesto en evidencia una preocupante situación financiera y administrativa en la Nueva EPS. Según esas entidades, la EPS habría ocultado facturas y dejado sin procesar millones de documentos contables, lo que ha generado deudas millonarias que ponen en riesgo su continuidad.
Desde 2019, la Nueva EPS habría acumulado facturas no procesadas con las Instituciones Prestadoras de Salud (IPS) cuya deuda ya supera los 5,5 billones de pesos. Este monto fue señalado por el superintendente Luis Carlos Leal, quien afirmó que la magnitud del ocultamiento de facturas “no eran $500.000 millones, eran $5,5 billones”. Además, la Contraloría reportó que, con corte a marzo de 2025, las cuentas por pagar acumuladas alcanzan 21,37 billones de pesos, con anticipos sin legalizar, reservas técnicas deficientes, contratación con fallos y facturación sin auditar, entre otros vacíos que comprometen la transparencia.
La Fiscalía imputó cargos al expresidente José Fernando Cardona Uribe y otros tres altos directivos por presunto ocultamiento de 14 millones de facturas, lo que habría permitido presentar estados financieros que disimulaban pérdidas y evitaban intervenciones estatales, desviando alrededor de 70.500 millones de pesos. Respecto a la versión de audios en los que supuestamente Cardona se habría negado a informar al gobierno sobre esos montos, ninguna fuente confiable verificada confirma su existencia completa. Cardona, por su parte, ha declarado públicamente que “mucho de lo que está circulando es una filtración” y que no ha tenido acceso a esos supuestos audios para poder revisar su contenido.
La defensa del expresidente de la Nueva EPS ha asegurado que las acusaciones son exageradas o politizadas, que no hay certeza de apropiación indebida de recursos y que parte de los montos alegados podrían corresponder a cobros legítimos de deudas con IPS o a deudas ya reconocidas. Mientras tanto, la Contraloría, la Supersalud y otros organismos de control han advertido que si no se aclaran las irregularidades, la entidad podría caer en una crisis financiera irreversible. La falta de procesos claros, la tardanza en procesar facturas y los errores en la reserva técnica han sido señalados como factores que afectan la estabilidad de la EPS más grande del país, en medio del debate sobre la reforma sanitaria del Gobierno Petro.